Основной проблемой на Селигере, естественно, является неуважительное отношение к природе, как местных жителей (конечно, в меньшей степени), так и туристов. На островах, начиная с середины июля, очень сложно найти свободный бережок для остановки на ночь - так много желающих пожить на Селигере в палатке. Как было бы здорово, если бы все отдыхающие убирали за собой и не выкидывали всякий мусор, гуляя по лесу или катаясь на лодке... К сожалению, ситуация далека от идеала. Последнее время, даже забравшись в самую глушь леса, можно найти целофановую упаковку или аллюминиевую банку. Даже остановки, когда-то служившие автобусными или теплоходными, по-тихоньку перерастают в помойку, несмотря на все таблички типа "Не мусорить!".

Неужели так сложно довезти на машине мешок с мусором до городской свалки или, в крайнем случае, закопать на месте стоянки (по крайней мере разлагающиеся объекты)? А зачем приезжать на природу и врубать музыку так, что все птицы в округе разлетаются? С появлением очередных идей в головах нашего правительства (таких, как водный и лесной кодексы) всё больше появляется двухметровых каменных заборов с железными воротами и надписями: "Частная собственность". К тому же, половина рейсовых автобусов тепрь не ходит потому, что раньше они принадлежали кожевенному заводу, в то время ещё государственному, теперь же завод куплен, и всё чаще вместо привычного "Осташковский кожевенный завод" видно "Ostashkov tennery"... А на главную пристань в Осташкове теперь и зайти даже нельзя. Я вспомнил, как раньше, когда я был совсем маленький, почти каждый день ходил туда попбросать в воду камешки и пообщаться с рыбаками. Несколько лет назад решил прогуляться туда с ребёнком. Подошли, а там забор... Решили обойти вдоль берега; только забрались и подошли к воде, походит мужик с дубинкой и надписью "Охрана" на спине, и говорит, мол, извините - частная собственность... Вот так вот! Все кто хоть раз был на Селигере, наверняка слышал о памятнике в честь остановки фашистских войск, который местные называют "Пушка", находящийся рядом с деревней Неприе. Так вот, опять же недавно, поехал туда с другом на велосипеде, но только мы выехали из деревни, через десять метров наткнулись на большие ворота, через которые нас, хоть и нехотя, но всё-таки пропустили. Но весь ужас в том, что другой дороги туда нет! Разве что вокруг озера.

Последние несколько лет около монастыря Нило-Столобенская Пустынь молодёжное движение "Наши" взяло за правило "отдыхать" по своим, так сказать, правилам. Дискотека, "музыка" от которой разносится по озеру на несколько километров, у них длится до ночи, и им нет никакого дела до того, что в четыре часа в монастыре уже начинается служба... А теперь на том же месте обосновался и форум "Селигер", на котором каждое лето в течение месяца в три смены промывают мозги молодёже, но это уже не селигерская проблема...

Немаловажной проблемой для любителей рыбной ловли на Селигере также являются сети (рыбаловные), которым в июле в некоторых местах просто нет числа. К сожалению о половине из них хозяева просто забывают и, думаю, не стоит говорить о том, что с ними становится через неделю-другую. Не смотря на то, что в 2010 году в озеро был запущен сазан, разведением рыбы никто фактически не занимается, включая рыбзавод, зато рыбаков на озере больше чем рыбы. Она просто не успевает вырасти - мало кто захочет расстаться даже с мелкокалиберными особями из своего улова, но сколько любителей пожаловаться на то, что "щука измельчала"!